Por sus ideas, fue destituido de sus cargos en 1884, lo que causó un gran revuelo y repudio entre sus alumnos. De hecho, muchos fueron a su casa para homenajearlo y agradecerle por sus clases, a lo que el profesor respondió: «De las astillas de las cátedras destrozadas por el despotismo, haremos tribunas para enseñar la justicia y predicar la libertad«.
Falleció un 17 de septiembre de 1894, a los 52 años, víctima de una enfermedad. Sus restos descansan en el Cementerio de la Recoleta, donde su sepulcro fue declarado monumento histórico.